本次瓯江学院军训共设七个连三十七个排。各连连长由武警教官担任，各学办副主任担任指导员。为增强班级凝聚力，原则上以班级为单位编排，男、女学生不分开训练。
由于是第一次自行组织实施军训，学院上下高度重视，早在九月中旬就召开军训协调会议，各部门具体分工，责任到人。九月底，又召开第二次军训落实会议，具体安排落实军训动员大会和阅兵式的主席台布置、领导接待、24小时值班专用车的落实、联系保卫处做好学生军训营地的安全保卫工作、联系后勤集团公司承担学生军训期间教官和学生的后勤保障工作、联系服装厂家订做军训服、制定优秀通讯员、优秀先进个人及优秀连排等评选细则等等一系列工作。学院规定凡参加新生军训工作的人员，务必要做到任务明确、职责清楚、人员和管理到位，要以身作则，模范遵守军训工作的各项制度，服从命令、听从指挥，加强与教官的联系，积极认真地做好军事教育训练的各项工作。
军训期间，学院还建立健全了值班制度和处理突发情况的应急措施，并加强对新生的国防知识教育和安全教育。内容主要包括：国防知识、交通安全、饮食卫生安全、训练活动安全以及注意防暑降温等。学院要求每位辅导员和班主任对身体不适、有疾病的学生要做到心中有数、及时沟通，适时调整训练内容，确保参训学生安全、有序地完成军训任务。
